東京大学大学院物理学専攻は本郷キャンパスの物理学教室を中核として、下図に示されるような数多くの関連する研究所、センターなどの協力講座から構成されている。
全体としては１３０あまりの研究室からなり、大学院の物理学専攻としては日本で最大の組織である。